時は1994年。多数の民間人を巻き添えにした大事故を起こした後、米国最先端の実験研究施設が外部との通信を完全に断った。内部のセキュリティシステムにより、秘密基地の出入口は封鎖されている。世論やマスコミが事故の真相を明かさない大統領に非難の矛先を向ける中、ダリラ・レイズを含むH.A.D.E.S（ヘキサコア特殊捜査部隊）は、国防長官からの密命を受け、施設で行われていた未来研究に関する機密データを回収するため、施設に潜入することになる。

施設の研究内容は、大統領を含む政府高官にさえ知らされていなかった。こうして、米国史上最大の内部危機に発展する恐れのある事態が発生してからわずか数時間後に、「Sandcastle」作戦が始動する。かつては足を踏み入れることが許されなかった建物の扉を開いたレイズは、今や獰猛な怪物たちの棲み家となっている巨大な地下迷路で、命を賭けた戦いを強いられる。

H.A.D.E.S.のエージェントとして、自らの存在を超えた大いなる真実というパズルのピースを集めることを決意するが、次々と巻き起こる衝撃的な展開と驚きの事実が明らかになっていく過程で、心を許した仲間を信じられなくなっていく…そして、疑念は自身にも向けられていく。なぜなら、恐怖は現在だけを起点にしていないからだ。奥深くに眠る悪の起源へと降りていく中で、一歩、また一歩と、過去の悪夢が現実になっていく。もう安全な場所はどこにもない。そう、自分の心の中にさえも…